熒光蛋白的亮度與啟動子、表達(dá)方式和連接原件等有關(guān)，不同啟動子誘導(dǎo)熒光蛋白表達(dá)的強弱不同，如UBC相對于EF1α、CAG、CMV等強啟動子表達(dá)較弱。

融合或非融合表達(dá)與熒光強度也有很大關(guān)系，融合表達(dá)時熒光蛋白可能出現(xiàn)錯誤折疊等現(xiàn)象，導(dǎo)致檢測不到熒光信號或熒光較弱。非融合表達(dá)時一般選擇連接肽作為連接原件，如2A肽或IRES將ORF分隔開；選擇IRES，下游ORF的表達(dá)明顯弱于上游，2A肽可以避免上下游ORF表達(dá)強弱不一致的問題，因此更為常用，如P2A和T2A不過2A肽切割后容易有殘留氨基酸。

帶熒光的慢病毒感染細(xì)胞后，熒光的強度取決于病毒進(jìn)入到細(xì)胞的顆粒數(shù)、細(xì)胞狀態(tài)、細(xì)胞類型、觀察時間等因素，熒光表達(dá)的強度與目的細(xì)胞感染病毒的顆粒數(shù)正相關(guān)，一般感染細(xì)胞后72h觀察熒光強度最佳，而增殖較慢的細(xì)胞可以適當(dāng)延長時間。

也可能會遇到過表達(dá)的慢病毒比對照的熒光要暗的情況，這主要是因為基因的插入，會影響位于下游的熒光蛋白表達(dá)，對照或干擾的病毒由于沒有插入或插入序列非常短熒光不受影響，而插入基因后，尤其是較長片段和高GC片段，則會降低熒光強度。